¿Por qué me duele detrás de las rodillas? ¿Qué puede ser?

No especifica en su pregunta las condiciones en las que le duele en esa región. De todas formas, en líneas generales, el dolor en la parte posterior de la rodilla puede ser causado por:
- Artritis.
-Quiste de Baker, que es una acumulación de líquido articular detrás de la rodilla, causada en general por algún otro tipo de condición que produce una inflamación, tal como artritis o un desgarro de cartílago.
-Lesión del ligamento cruzado posterior.
-Lesiones del cuerno posterior del menisco medial.
-Tendinitis
-Trombosis venosa profunda, la cual es una enfermedad grave y potencialmente mortal. Se forma un coágulo de sangre en la pierna que puede desprenderse y causar una embolia en otra localización.
Debe acudir al médico para una valoración.