¿Es normal que al correr me duela por debajo de los gemelos entre el talón y los gemelos? Suele aparecer cuando la carrera es más intensa.

No es normal esta situación. Suele ocurrir en personas que tienen la musculatura posterior de las piernas (isquiosurales) mas corta de lo normal o en casos de tendinosis aquileas. En el primer caso se diagnostican pues no llegan a tocar con los dedos el suelo sin doblar las rodillas. En el segundo caso hay que practicar una ecografía para valorar como esta el tendón.
Para ello es indispensable hacer un estudio de la marcha (estudio baropodometrico) para ver si la pisada es correcta o precisa plantillas. En caso de usar plantillas se puede poner una cierta alza en el talon para relajar la zona inflamada.